Die Sekundarstufe wird als Tagesschule mit Mittagsbetreuung geführt. Sie ist räumlich von der Primarstufe getrennt.
Die KUK führt auf der Sekundarstufe fünf Klassen mit höchstens 12 Schülerinnen / Schüler. Die Lernenden werden in den Stammklassen A, B oder C mit Anforderungsstufen I, II und III geschult. Ist es erforderlich, können die Lernziele angepasst werden.
Für die Sekundarstufe sind die Lehrpläne und die Lehrmittel des Kantons Zürich verbindlich. Es wird das offizielle Zeugnis des Kantons Zürich ausgestellt. Die KUK führt den Stellwerkcheck 8 in der 2. Sekundarschule durch und arbeitet auf Grund der Resultate in der 3. Sekundarschule zusätzlich mit Lernpass. Am Ende der Oberstufenzeit wird der Stellwerktest 9 durchgeführt.
Ziel der Sekundarschule ist der Einstieg in die Berufswelt oder in eine weiterführende Schule, weshalb während der ganzen Sekundarschulzeit ein Schwerpunkt in der Berufswahl liegt. Es werden dazu auch externe Fachpersonen beigezogen, welche die Lernenden auf den neuesten Stand bringen und unterstützend beraten können.
Die Schülerinnen / Schüler lernen fachliche Kompetenzen, bei denen Wert auf die schulische Leistung gelegt wird. Ebenso wichtig ist das Erlernen personaler, sozialer und methodischer Kompetenzen, die mit auf den Weg in die Berufswelt gegeben werden.